随着第一部大火，半泽直树2也已上映，故事从主人公半泽直树被派遣到东京中央证券工作后，再度被卷入各种纠纷的故事。

东京中央银行的银行职员半泽直树（堺雅人饰），从西大阪支行融资课的课长升任总部营业第二部的次长，因为揭发银行内部数起违法贪污行为而被调任东京中央证券。作为部长的他，眼下最要紧的业务就是自己客户“电脑杂技集团”对搜索引擎公司Spiral的收购案。长期被银行母公司排挤的中央证券，这次也不例外地被“横刀夺爱”。更严重的是，中央银行的证券部部长伊佐山早就盯上了半泽。在包括“老友”渡真利（及川光博饰）和“新徒”森山（贺来贤人饰）等人的帮助之下，半泽的反击正式拉开序幕。